Lorsque les conquistadors européens ont navigué vers le Nouveau Monde, leur conquête a été assistée par un allié dévastateur invisible, ayant la forme d’une maladie mystérieuse.

À présent, les scientifiques ont identifié la source probable se cachant derrière l’épidémie la plus meurtrière enregistrée lors de ce chapitre sombre de l’histoire, et qui a décimé jusqu’à 80% de la population indigène du Mexique, soit environ 15 millions de vies. Tandis que les résultats de l’équipe de recherche étaient déjà disponibles auparavant sur le site bioRxiv, l’étude a été officiellement publiée dans Nature Ecology & Evolution.

De l’ADN ancien, extrait des dents des victimes de l’épidémie datant de 1545-1550, révèle la première occurrence connue des salmonelles (Salmonella) dans les Amériques, indiquant la présence mortelle d’une sous-espèce de la bactérie, appelée Salmonella enterica, responsable de la fièvre entérique (liée à la fièvre typhoïde).

Du moins, c’est comme cela que nous l’appelons maintenant. Lorsque cette maladie dévastatrice a balayé ce qui est maintenant le Mexique et le Guatemala, elle était connue sous un autre nom par les populations amérindiennes : cocoliztli (pestilence) ou huey cocoliztli (grande pestilence).

Les Espagnols avaient leur propre terme pour désigner cette maladie : pujamiento de sangre (saignement abondant). Quelle que soit la langue, elle évoquait la mort. « Les fièvres étaient contagieuses, brûlantes, et continues, toutes pestilentielles, en grande partie meurtrières. La langue était sèche et noire. Une soif énorme », décrivait un moine franciscain appelé Fray Juan de Torquemada, en 1576, lorsque l’épidémie connut une seconde vague meurtrière. « L’urine était de couleur vert-de-mer, vert-végétal et noire, passant parfois d’une couleur verdâtre à une couleur pâle. Le pouls était rapide, peu intense, faible – parfois même indécelable », ajoutait-il. Les personnes infectées souffraient de délires, de dysenterie, de convulsions et enduraient des saignements et des vomissements abondants.

Jusqu’à cette dernière étude, il a été suggéré que ces terribles expériences provenaient d’autres causes biologiques, telles que la rougeole, la variole, le typhus ou la fièvre hémorragique virale. Mais à présent, l’équipe dirigée par des chercheurs de l’Institut Max Planck pour la science de l’histoire humaine, en Allemagne, ont la première preuve directe d’ADN pour soutenir cette explication alternative.

Près de 30 squelettes ont été excavés dans la ville mixtèque de Teposcolula-Yucundaa à Oaxaca, au Mexique, où des victimes du cocoliztli ont été enterrées il y a des centaines d’années. C’est à l’aide d’une nouvelle technique de criblage de l’ADN, appelée MALT (Meta Genome Analyzer Alignment Tool), que les chercheurs ont découvert une souche de S. enterica, appelée Paratyphi C.

Les chercheurs reconnaissent que cela ne signifie pas que d’autres agents pathogènes ne sont pas impliqués dans cette épidémie mortelle. Mais à l’heure actuelle, la seule bactérie détectée était S. enterica Paratyphi C, qui a très probablement été emmenée au Nouveau Monde par les Espagnols, et il s’agit du candidat le plus probable derrière cette lourde épidémie ayant mené à la mort de tant de personnes.

« Le cocoliztli est une épidémie historique mystérieuse, et au fil des années, nombreux sont ceux qui ont spéculé sur sa cause. C’est la première fois que l’ADN a permis d’identifier un candidat pathogène pour cela », a déclaré l’un des chercheurs, l’anthropologue physique Kirsten Bos.

Grâce à l’algorithme de MALT – qui permet aux scientifiques, pour la toute première fois, de comparer l’ADN à une grande variété d’appariements potentiels – les scientifiques seront capables d’identifier les causes biologiques des anciennes épidémies, comme jamais auparavant. « C’est un progrès critique dans les méthodes dont nous disposons en tant que scientifiques des maladies anciennes », explique Bos dans un communiqué de presse. « Nous pouvons maintenant rechercher les traces moléculaires de nombreux agents infectieux dans les archives archéologiques, ce qui est particulièrement pertinent dans les cas typiques où la cause d’une maladie n’est pas connue a priori », ajoute-t-elle.

Sources : Nature Ecology & Evolution, Max Planck Institute

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