En analysant l’ADN ancien de chasseurs-cueilleurs du sud-est de la Sibérie du milieu de l’Holocène, des chercheurs ont identifié deux épidémies distinctes de peste remontant jusqu’à 5 700 ans avant notre ère. La bactérie responsable de la maladie aurait été détectée à des niveaux supérieurs à ceux de tout autre pathogène, ce qui suggère qu’il pourrait s’agir de la plus ancienne preuve de transmission interhumaine de la peste, un élément supplémentaire pour mieux comprendre ses origines.
Les épidémies de peste figurent parmi les plus meurtrières de l’histoire de l’humanité. Les données archéologiques et les analyses d’ADN ont permis de remonter son origine jusqu’à environ 5 300 ans avant notre ère, chez les agriculteurs du Néolithique. Ces données suggèrent que Yersinia pestis, la bactérie responsable de la peste, s’est adaptée pour infecter les humains à partir du Néolithique, d’après les données disponibles (entre 9500 et 2500 ans avant notre ère).
Cependant, les premières souches bactériennes préhistoriques semblent être dépourvues d’adaptations génétiques nécessaires à la transmission de la maladie par les puces aux humains et à l’infection à la peste bubonique. Plus précisément, les analyses de l’ADN indiquent que Y. pestis était dépourvue des facteurs de virulence nécessaires à la peste bubonique jusqu’à il y a environ 3 800 ans.
Cela a conduit à une incertitude quant à la voie de transmission exacte et à la virulence des premières souches identifiées et, par extension, quant à l’origine et à la date exacte des premières épidémies de peste chez l’humain.
Un groupe international de chercheurs apporte de nouvelles données suggérant la présence d’épidémies de peste antérieures à celles des populations néolithiques. « Nous décrivons ici des souches de peste anciennes associées à deux phases d’épidémies chez des chasseurs-cueilleurs du milieu de l’Holocène, près du lac Baïkal, dans le sud-est de la Sibérie, remontant à environ 5 500 ans », écrivent les chercheurs dans leur rapport détaillé aujourd’hui (17 juin) dans la revue Nature.
Deux épidémies de peste plus anciennes que celles du Néolithique
Des travaux antérieurs ont suggéré une association entre des épidémies de peste et un déclin démographique prolongé chez plusieurs générations d’agriculteurs du Néolithique, entre environ 5 300 et 4 900 ans avant notre ère. Cette association est cependant controversée, d’autres facteurs, comme des crises agricoles ou d’autres maladies telles que la pseudotuberculose, pouvant expliquer ce déclin.
De précédentes analyses génomiques ont également identifié des signatures du génome de diverses lignées bactériennes de la peste entre 4700 et 2400 ans avant notre ère. Ces souches semblaient cependant être dépourvues des gènes de virulence habituellement présents dans les souches ultérieures.
Pour effectuer leur enquête, les chercheurs de la nouvelle étude ont analysé l’ADN ancien de 42 chasseurs-cueilleurs Ust’Ida provenant de quatre cimetières situés autour du lac Baïkal, en Sibérie. Les données ont montré que deux épidémies se sont produites dans la communauté, avec un taux d’infection par la peste de 39 %.
Sépulture Ust’Ida I n° 44 ; cette fosse commune contient les restes de trois individus, dont deux ont été identifiées comme étant des demi-sœurs (ayant la même mère), âgées de 9 à 10 ans et de 5 à 6 ans. Le troisième occupant de la fosse commune est un garçon de 11 à 12 ans, sans lien de parenté proche avec les deux demi-sœurs, mais inhumé en même temps qu’elles dans la même tombe ; des traces d’ADN de peste y ont été retrouvées. © Vladimiri Bazaliiskii
Plus précisément, la bactérie a été détectée chez 18 individus, à des niveaux supérieurs à ceux de tout autre pathogène. Les données génomiques suggèrent la présence de deux épidémies de peste distinctes, datant respectivement de 5520 à 5265 ans avant notre ère et de 5315 à 4235 ans avant notre ère.
En effet, en analysant le génome des individus du cimetière et en reconstituant leurs liens de parenté, les chercheurs ont montré que de petits groupes familiaux avaient été infectés, ce qui indiquerait une transmission interhumaine de la maladie et suggère que les souches bactériennes disposaient déjà des gènes de virulence nécessaires à cet effet.
« En reconstituant les arbres généalogiques, nous montrons que de petits groupes familiaux étaient touchés, ce qui est cohérent avec une transmission interhumaine de la maladie, et que la première épidémie s’est produite au sein d’une seule génération », écrivent les chercheurs.
Les individus apparentés et infectés étaient enterrés dans des tombes séparées, suggérant qu’ils sont décédés à la suite d’épisodes épidémiques distincts. Une mortalité aiguë semble également avoir affecté les enfants âgés de 8 à 11 ans.
Le crâne d’une fillette de 9 à 11 ans décédée et enterrée avec des victimes de la peste au cimetière d’Ust’Ida I. © Angela Lieverse
Par ailleurs, les génomes de Y. pestis associés à ces deux épidémies seraient différents de ceux des souches de peste anciennes et modernes et suggèrent que cette lignée particulière est apparue il y a environ 5 700 ans avant notre ère.
« Ces résultats montrent que les épidémies de peste sont survenues plus tôt qu’on ne le pensait et étaient effectivement mortelles », souligne l’équipe. Ces nouvelles données remettent également en question l’idée selon laquelle les fortes densités de population et la transition vers l’agriculture observées au Néolithique étaient des facteurs importants susceptibles d’avoir favorisé les épidémies de peste.
