Unknome est une nouvelle et riche base de données visant à devenir le nouveau repère pour les gènes et protéines humains sous-étudiés. Lancée dans le but de stimuler la recherche sur ces entités mystérieuses, elle pourrait ouvrir la voie à des découvertes médicales majeures. À l’origine de cette réalisation se trouve une équipe de chercheurs dirigée par Matthew Freeman de l’Université d’Oxford et Sean Munro du MRC Laboratory of Molecular Biology de Cambridge.
Le génome représente l’ensemble de l’ADN d’un organisme, englobant tous ses gènes, ceux qui détiennent les directives essentielles à la création de protéines. Ces dernières jouent un rôle central dans nos cellules, orchestrant la majorité des fonctions vitales. Si l’on prend l’exemple du génome humain, il renferme une collection impressionnante de 20 000 à 25 000 gènes, chacun codant pour une protéine spécifique.
Pourtant, nombre de ces protéines sont encore dans l’ombre, leur rôle et leur identité demeurant énigmatiques pour les scientifiques. Face à ce vaste territoire génétique inexploré, Unknome voit le jour et se présente comme une voie vers de nouvelles découvertes protéiques. La base de données et l’étude de son implication sont détaillées dans la revue Plos Biology.
Unknome : c’est quoi exactement ?
Né de la fusion des termes « Unknown » et « Genome », Unknome est une base de données innovante regroupant les gènes de protéines humains qui, malgré leur présence dans notre ADN, demeurent largement méconnus. Elle intègre également des protéines issues d’organismes modèles, des acteurs clés en biologie qui offrent des perspectives éclairantes sur les fonctions potentielles des protéines humaines.
Les données répertoriées sont classées selon un score de connaissance. Ainsi, chaque gène de protéine se voit attribuer un score. Ce dernier sert de baromètre de la compréhension actuelle de la protéine par la communauté scientifique, s’appuyant sur des données issues de recherches antérieures. Les critères de notation prennent en compte : le rôle de la protéine dans l’organisme, sa conservation à travers différentes espèces, sa localisation au sein de la cellule ainsi que d’autres facteurs pertinents.
Avec cette méthodologie rigoureuse, Unknome a mis en évidence un grand nombre de protéines dont le score de connaissance frôle le zéro. Les gènes de ces protéines, bien que présents dans notre génome, restent des terrains inexplorés, appelant à des recherches plus poussées.
Évaluation d’Unknome
Pour mesurer la pertinence et l’utilité de la base de données Unknome, des chercheurs ont mené une expérience. Ils ont choisi 260 gènes humains qui avaient des homologues chez les mouches, des alliés familiers de la recherche biologique. Ces gènes, avec des scores de connaissance égaux ou inférieurs à 1 dans Unknome, sont en grande partie des énigmes pour la science, tant chez l’homme que chez la mouche.
L’expérience s’est appuyée sur deux techniques clés : le knock-out et le knock-down. Le premier consiste à désactiver entièrement un gène pour observer son impact sur l’organisme. Si un gène est vital, sa désactivation entraîne des conséquences fatales. Le knock-down, quant à lui, réduit simplement l’activité d’un gène sans le désactiver complètement, permettant d’analyser les effets d’une diminution de sa fonction. Cette réduction peut être appliquée à l’ensemble de l’organisme ou ciblée sur des tissus spécifiques.
Résultats : un grand nombre de mouches n’ont pas survécu à la désactivation totale de certains gènes, soulignant leur rôle essentiel. De plus, en modulant l’activité de ces gènes, les chercheurs ont mis en lumière leur influence sur des fonctions biologiques majeures, allant de la fertilité à la résistance au stress.
Cette démarche a confirmé la valeur inestimable d’Unknome. En mettant l’accent sur des gènes jusqu’alors négligés, l’expérience a révélé leur importance cruciale dans des processus vitaux, renforçant l’argument en faveur d’une exploration plus approfondie de ces gènes « en attente d’exploration ».
