Des agences américaines analysent des données génétiques issues du laboratoire de Wuhan, qui auraient été piratées

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Plus d’un an après le début de la pandémie, les origines du coronavirus SARS-CoV-2 représentent encore un domaine de recherche actif en virologie et épidémiologie. En effet, aucun des deux scénarios actuellement avancés — la transmission naturelle à l’Homme par un hôte animal intermédiaire ou la fuite d’un laboratoire (notamment celui de Wuhan) — n’a encore été confirmé. Cependant, certaines agences américaines de renseignement sont parvenues à récupérer des milliers d’échantillons de génomes viraux issus du laboratoire de Wuhan. En les analysant, elles espèrent obtenir des précisions sur l’émergence et le contexte de la transmission initiale du coronavirus.

Les agences de renseignement américaines fouillent dans une masse de données génétiques qui pourraient être essentielles pour découvrir les origines du coronavirus – dès qu’elles pourront le déchiffrer. Ce catalogue géant d’informations contient des plans génétiques tirés d’échantillons de virus étudiés au laboratoire de Wuhan, en Chine, qui, selon certains responsables, pourraient être à l’origine de l’épidémie de COVID-19, ont déclaré à CNN plusieurs personnes proches du dossier.

Analyser les 22 000 échantillons génétiques : un travail complexe

On ne sait pas exactement comment ni quand les agences de renseignement américaines ont eu accès aux informations, mais les machines impliquées dans la création et le traitement de ce type de données génétiques à partir de virus sont généralement connectées à des serveurs externes basés sur le cloud — laissant ouverte la possibilité qu’elles aient été piratées. Pourtant, traduire cette montagne de données brutes en informations utilisables présente une série de défis, notamment l’exploitation d’une puissance de calcul suffisante pour tout traiter.

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Schéma détaillant les étapes du séquençage d’un génome viral. © Florence Maurier et al. 2019

Pour ce faire, les agences de renseignement s’appuient sur les superordinateurs des laboratoires nationaux du ministère de l’Énergie, un ensemble de 17 instituts de recherche gouvernementaux d’élite.

Il y a aussi un problème de main-d’oeuvre. Non seulement les agences de renseignement ont besoin de scientifiques gouvernementaux suffisamment qualifiés pour interpréter des données de séquençage génétique complexe et qui disposent de l’habilitation de sécurité appropriée, mais ils doivent également parler le mandarin, car les informations sont écrites en chinois avec un vocabulaire spécialisé.

« De toute évidence, il y a des scientifiques qui sont habilités. Mais ceux qui parlent mandarin et qui sont qualifiés ? C’est un très petit bassin. Et pas n’importe quels scientifiques, mais ceux qui se spécialisent dans la virologie. Donc vous pouvez voir comment cela devient vite difficile à trouver », déclare une source proche du projet.

Des données génétiques pertinentes pour préciser l’apparition du virus ?

Les responsables de l’examen espèrent que ces informations aideront à répondre à la question de savoir comment le virus est passé des animaux aux humains. Percer ce mystère est essentiel pour déterminer en fin de compte si la COVID-19 a fui du laboratoire ou a été transmise à l’Homme naturellement à partir d’animaux. Les enquêteurs, tant à l’intérieur qu’à l’extérieur du gouvernement, recherchent depuis longtemps des données génétiques à partir de 22 000 échantillons de virus qui étaient étudiés à l’Institut de virologie de Wuhan.

Ces données ont été supprimées d’Internet par des responsables chinois en septembre 2019, et la Chine a depuis refusé de transmettre ces données et d’autres données brutes sur les premiers cas de coronavirus à l’Organisation mondiale de la santé et aux États-Unis.

La question pour les enquêteurs est de savoir si le WIV ou d’autres laboratoires en Chine possédaient des échantillons de virus ou d’autres informations contextuelles qui pourraient les aider à retracer l’histoire évolutive du coronavirus. Deux scientifiques qui étudient les coronavirus ont déclaré qu’ils étaient sceptiques quant à l’existence de données génétiques soit dans la tranche des 22 000 échantillons, soit dans toute autre base de données du WIV que les scientifiques ne connaissent pas déjà.

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« Fondamentalement, dans un article de recherche de 2020 publié dans Nature, le WIV a parlé de toutes les séquences qu’ils avaient jusqu’à un certain moment — c’est ce que pensent la plupart des virologues, c’est à peu près tout ce qu’ils avaient », affirme Robert Garry, virologue à la faculté de médecine de l’université de Tulane. Une source familière avec l’enquête américaine ne confirmerait ni ne nierait qu’aucune des données relatives à ces 22 000 échantillons ne figure parmi celles que les agences de renseignement américaines analysent actuellement.

Étudier les génomes viraux pour mieux comprendre l’émergence du coronavirus

Le code génétique d’un virus est la signature qui permet aux scientifiques de faire la différence entre les variantes Delta et Beta du coronavirus, par exemple. Il peut également offrir des indices sur la façon dont le virus s’est adapté ou a muté au fil du temps, notamment s’il montre des signes de manipulation humaine — une sorte d’historique génétique.

De nombreux scientifiques continuent de croire que le scénario le plus probable est que le virus ait migré naturellement des animaux aux humains. Mais malgré des tests sur des milliers d’animaux, les chercheurs n’ont toujours pas identifié l’hôte intermédiaire par lequel le virus est passé au fur et à mesure qu’il s’adaptait à l’Homme.

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La théorie actuelle propose la chauve-souris comme réservoir naturel initial et le passage par un hôte intermédiaire animal avant la transmission à l’Homme. Cependant, le coronavirus SARS-CoV-2 ne présente pas suffisamment de similarités avec les virus retrouvés chez les chauves-souris et pangolins. © Nature

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Mais certains chercheurs, responsables du renseignement et législateurs républicains, pensent que les chercheurs du WIV pourraient avoir modifié génétiquement un virus en laboratoire, en utilisant un type de recherche controversé connu sous le nom de « gain de fonction », qui aurait pu infecter des chercheurs qui l’ont ensuite propagé dans leur communauté. Il est également plausible que l’infection initiale ait eu lieu naturellement à l’extérieur du laboratoire, peut-être alors qu’un scientifique prélevait un échantillon d’un animal dans la nature, et que ce scientifique a ensuite propagé le virus sans le savoir lorsqu’il est retourné au laboratoire avec les échantillons.

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Comprendre exactement sur quels virus les chercheurs du WIV travaillaient pourrait fournir des preuves importantes pour l’une de ces théories. C’est l’une des raisons pour lesquelles les enquêteurs de Capitol Hill et d’ailleurs se sont concentrés sur la base de données qui a été mise hors ligne en 2019.

Mais cela pourrait ne rien prouver de manière définitive, selon des sources proches des services de renseignement. Même si les scientifiques de la communauté du renseignement sont en mesure d’utiliser les données du laboratoire pour assembler une histoire génétique complète qui montre comment le virus a muté, ils pourraient ne pas avoir suffisamment d’informations sur la façon dont il a été traité par le laboratoire chinois pour déterminer avec un haut niveau de confiance qu’il a fui.

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