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COVID : Une ville brésilienne aurait atteint l’immunité collective, mais en a payé le prix fort

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| Bruno Kelly/Reuters

Comme de nombreuses villes dans le monde, Manaus a été durement touchée par la COVID-19. Mais durant le pic de l’épidémie à la fin du printemps, cette ville de plus de 2 millions d’habitants comptait 4,5 fois plus de décès que prévu pour cette période de l’année. Les hôpitaux et les cimetières ont eu du mal à suivre, et des fosses communes ont été creusées pour enterrer les morts. Par la suite, les cas et les décès ont régulièrement diminué malgré un assouplissement des mesures de distanciation sociale. Un indice évoquant peut-être la présence d’une immunité collective.

Ces faits ont incité certains chercheurs à penser que Manaus a atteint l’immunité collective. Dans un rapport publié le 21 septembre sur le serveur medRxiv, qui n’a pas encore été examiné par des pairs, les chercheurs suggèrent que l’immunité collective s’est développée dans la ville après que 44 à 52% de la population a été infectée au plus fort de l’épidémie, ce qui a ralenti la propagation ultérieure du virus.

« Ce sont les niveaux d’infection les plus élevés que j’ai jamais vus », déclare Elitza Theel, microbiologiste clinique à la clinique Mayo de Rochester, dans le Minnesota, qui n’a pas participé à l’étude. Ce taux d’infection élevé pourrait très bien avoir eu un impact sur la trajectoire de l’épidémie. « C’est ainsi que fonctionne l’immunité collective », ajoute-t-elle. « Mais cela a un coût élevé… leur taux de mortalité était très élevé ».

L’immunité collective se produit lorsqu’un nombre suffisant de personnes deviennent immunisées contre une maladie infectieuse, soit par une infection, soit par un vaccin, ce qui ralentit l’épidémie car l’agent pathogène est privé d’hôtes sensibles. Les scientifiques sont encore en train de déterminer le seuil d’immunité collective pour la COVID-19 ; la plupart des estimations se situent entre 40 et 60% de la population (devant être infectée ou avoir reçu un vaccin).

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Le seuil précis varie probablement d’une région à l’autre, mais la quasi-totalité du globe reste pour le moment bien en dessous de ce seuil, selon les experts. Les États-Unis par exemple, bien que sévèrement touchés, restent dans la fourchette à un chiffre, bien qu’environ 20% de la population de certaines parties de la ville de New York ait déjà pu contracter le virus.

Une « vérification de l’immunité » par les dons de sang

Pour savoir si l’immunité collective s’est développée à Manaus, des chercheurs du Brésil et du Royaume-Uni se sont tournés vers les dons de sang, à la recherche d’anticorps contre le SARS-CoV-2, le virus responsable de la COVID-19. Les dons de sang ne constituent pas un échantillon aléatoire de la population. Ils proviennent généralement d’adultes en bonne santé et asymptomatiques, et pourraient donc manquer les infections chez les personnes âgées, qui peuvent être plus vulnérables aux infections, ainsi que chez les enfants. Néanmoins, les dons offrent un moyen de mesurer la séroprévalence, c’est-à-dire la proportion d’une population qui a été exposée à un virus et qui a développé des anticorps contre celui-ci.

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Les cimetières de la ville brésilienne de Manaus ont été submergés par la pandémie. Une nouvelle étude estime que jusqu’à la moitié de la population de la ville a été infectée au plus fort de l’épidémie, ce qui a ralenti la propagation du virus mais a également entraîné de nombreux décès. Crédits : Sandro Pereira/Fotoarena/SIPA USA via AP Images

Les chercheurs ont testé environ 800 à 1000 dons de sang chaque mois de février à août, et ont tenté de contrôler les facteurs de confusion potentiels, tels que la sensibilité des différents tests et le fait que les anticorps peuvent diminuer avec le temps. Ils ont également testé les échantillons de sang provenant de São Paolo, une autre ville brésilienne. « C’est l’un des meilleurs articles que j’ai vus, car il tente vraiment de rendre compte de la diminution des niveaux d’anticorps au fil du temps et d’autres facteurs », déclare Theel.

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Un pic de séroprévalence proche du seuil d’immunité collective

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À Manaus, la prévalence des anticorps au coronavirus chez les donneurs de sang est restée inférieure à 1% au début de la pandémie, a constaté l’équipe. En avril, elle est passée à 4,8%, puis a grimpé à 44,2% en mai et a atteint un pic de 51,8% en juin, une trajectoire qui a suivi grosso modo la courbe de l’accumulation des décès (plus de 2500). Après ce pic, la séroprévalence a chuté, atteignant 30% en août, conséquence à la fois de la baisse des niveaux d’anticorps chez les personnes déjà infectées et de la diminution des taux de transmission, selon les chercheurs.

Si les mesures de distanciation sociale ont probablement contribué à ralentir la propagation du virus, l’équipe soutient qu’une forte immunité de la population a joué un rôle plus important dans la réduction de l’épidémie. Au mois d’août, les chercheurs estiment que 66% de la population avait été infectée. Il reste à voir si la ville évitera une autre épidémie, et cela dépendra en partie de la durée de l’immunité protectrice.

Les chercheurs avertissent que leurs conclusions ne peuvent pas être directement transposées à d’autres villes en raison de différences dans des facteurs tels que la démographie, le comportement, et l’adhésion à des mesures de distanciation sociale.

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On ne sait toujours pas pourquoi Manaus a atteint l’immunité collective alors que ce n’est pas le cas pour d’autres villes. São Paolo, par exemple, comptant plus de 12 millions d’habitants, n’a jamais dépassé le taux de séroprévalence de 14%, bien que les deux villes aient mis en place des mesures de distanciation sociale similaires, comme le montrent les dons de sang analysés.

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Les auteurs de l’étude soulignent que les conditions socio-économiques moins bonnes de Manaus, les logements plus surpeuplés et la dépendance aux voyages en bateau sont autant de facteurs qui auraient pu accélérer la propagation du virus dans cette ville.

Les chercheurs estiment que près de 4000 personnes sont mortes de la COVID-19 à Manaus, un nombre élevé de décès pour une ville où seulement 6% de la population a plus de 60 ans. Selon l’étude, le taux de mortalité lié à l’infection se situe entre 0,17 et 0,28%. Le coût de l’immunité collective par infection dans d’autres villes, en particulier là où il y a plus de personnes âgées, pourrait être beaucoup, beaucoup plus élevé. Les estimations du taux de mortalité par infection à São Paolo vont jusqu’à 0,72%.

Dans l’ensemble, l’expérience de Manaus révèle « qu’une épidémie non atténuée entraînera une morbidité et une mortalité très importantes. […] Ce qui est, en gros, ce que nous disons depuis février », déclare Bill Hanage, épidémiologiste à l’université Harvard.

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