Deux nouveaux variants du SARS-CoV-2 identifiés aux États-Unis

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| CDC/Allison M. Maiuri, MPH, CHES

Des scientifiques du Centre médical Wexner et du collège de médecine de l’Université d’État de l’Ohio ont détecté de nouveaux variants du coronavirus. L’un d’entre eux porte une mutation identique au variant britannique ; le second affiche trois autres mutations génétiques jamais vues auparavant. Ce second variant s’est propagé rapidement dans la ville de Columbus, où il est devenu le virus dominant en seulement trois semaines.

Il fallait s’y attendre. Après deux nouvelles souches du SARS-CoV-2 apparues récemment au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, de nouveaux variants ont été repérés outre-Atlantique, dans l’État de l’Ohio. Le variant détecté à Columbus est « une évolution significative » du virus selon les experts, qui affirment qu’il n’est pas dérivé des variants viraux précédemment identifiés.

Tout comme dans le cas des souches britannique (B.1.1.7) et sud-africaine (501.V2), les mutations portées par ces deux nouveaux variants concernent la protéine de pointe (ou protéine S), se trouvant en surface du virus. Par conséquent, il est probable que ces mutations rendent le virus plus infectieux et facilitent sa transmission d’une personne à l’autre.

Un variant potentiellement plus transmissible, mais pas plus dangereux

Le Centre médical Wexner effectue des séquençages du génome du SARS-CoV-2 chez des patients atteints de COVID-19 depuis mars 2020, afin de suivre l’évolution du virus. Un nouveau variant vient d’être découvert chez un patient de l’Ohio ; il porte une mutation clé commune avec la forme britannique. Les chercheurs pensent que la mutation est apparue indépendamment dans la variante américaine, à partir de souches du virus circulant déjà dans la région. Aucun autre patient infecté par ce variant n’a été identifié pour le moment, de sorte que les chercheurs ne connaissent pas encore la prévalence de cette souche dans la population.

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Parallèlement, la souche de Columbus, présentant trois mutations inédites, s’est propagée très rapidement dans la ville depuis la fin décembre. « Cette nouvelle souche Columbus a le même squelette génétique que les cas antérieurs que nous avons étudiés, mais ces trois mutations représentent une évolution significative », a déclaré le Dr Dan Jones, vice-président de la division de pathologie moléculaire du centre Wexner.

Si les scientifiques soupçonnent une plus grande contagiosité, il est encore trop tôt pour l’affirmer avec certitude et pour remettre en question l’efficacité des vaccins actuellement distribués. « La grande question est de savoir si ces mutations rendront les vaccins et les approches thérapeutiques actuelles moins efficaces », a déclaré Peter Mohler, directeur scientifique du Centre Wexner et co-auteur de l’article rapportant la découverte de ces nouveaux variants. Il rappelle qu’à l’heure actuelle, aucune donnée ne permet de tirer des conclusions quant à l’impact de ces mutations sur l’efficacité vaccinale.

Mohler se veut donc rassurant et souligne qu’il est important de ne pas réagir « de façon excessive » face au variant de Columbus, baptisé COH.20G/501Y. Davantage de données doivent être récoltées pour comprendre l’impact des mutations sur la transmission du virus, pour déterminer la prévalence de la souche dans la population et vérifier si elle s’avère ou non plus dangereuse pour la santé humaine. En outre, l’expert rappelle qu’il est essentiel de continuer à surveiller l’évolution du coronavirus, pour mieux comprendre l’impact des formes mutantes sur les tests de dépistage et les traitements mis en œuvre.

Des variants toujours plus nombreux ?

Rappelons que le phénomène n’est pas exceptionnel. Tous les virus mutent naturellement et évoluent avec le temps pour mieux s’adapter à leur environnement. « Mais les changements observés au cours des deux derniers mois ont été plus importants que dans les premiers mois de la pandémie », souligne Dan Jones. Lui et son équipe continuent le séquençage à partir d’échantillons prélevés sur les malades de la COVID-19 ; ils seront d’autant plus attentifs aux changements à mesure que la vaccination progressera.

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Le SARS-CoV-2 serait-il doté de capacités de mutation « hors normes » ? Les scientifiques estiment en tout cas que la forme mutante identifiée à Columbus suggère que la même mutation pourrait s’être produite indépendamment dans plusieurs autres régions du monde au cours des derniers mois. Bien que l’ensemble des variants repérés ces dernières semaines sont susceptibles d’être plus transmissibles, aucun n’a été considéré plus dangereux, aucun n’entraîne de symptômes plus graves. Les gestes barrières mis en place contre la forme initiale du virus (port du masque, désinfection des mains, distanciation) demeurent donc à ce jour une protection efficace contre ces variants.

La situation pourrait malheureusement évoluer de façon inquiétante. L’augmentation de cas de COVID-19 favorise l’apparition de mutations et tant que le virus circule, de nouveaux variants peuvent apparaître. « Plus nous permettons à ces virus de se répliquer, plus ils risquent de commettre une erreur et dans certaines de ces erreurs, ils peuvent avoir de la chance et subir un changement qui peut être plus dévastateur », avertit la Dr Claudia Hoyen, directrice du Rainbow Babies and Children’s Hospital infection control de Cleveland.

Le 12 janvier, le Japon a lui aussi signalé la découverte d’un nouveau variant, repéré chez quatre patients contaminés, revenus du Brésil : l’Institut national japonais des maladies infectieuses aurait découvert pas moins de douze mutations dans la protéine de pointe du virus ! Ce variant, nommé E484K, posséderait une mutation identique à celle du variant britannique, à laquelle s’ajoute une autre modification observée dans le variant sud-africain. Les scientifiques estiment que ces mutations pourraient permettre au virus de « s’agripper plus solidement aux cellules contaminées » et nuiraient à l’efficacité des anticorps produits par le système immunitaire.

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Source : Wexner Medical Center

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