En analysant un échantillon viral en Californie, des scientifiques du Los Alamos National Laboratory ont découvert une nouvelle forme de SARS-CoV-2, qui résulte d’une combinaison du variant britannique (B.1.1.7) et du variant californien (baptisé B.1.429). Ces deux variants ont ainsi mêlé leur génome pour former une version hybride du coronavirus, porteuse de nombreuses mutations. L’événement fait craindre une nouvelle phase pandémique.
Cette « recombinaison » (on parle aussi de « virus réassorti ») pourrait être à l’origine d’une récente vague de cas de contamination observée à Los Angeles. Cette nouvelle forme virale se compose d’une partie du génome du variant B.1.1.7, connu pour être hautement transmissible, et présente également une mutation qui pourrait la rendre résistante à certains anticorps.
D’autres analyses sont en cours pour confirmer la recombinaison, mais la biologiste Bette Korber, à l’origine de cette découverte, a déclaré avoir suffisamment de preuves tangibles dans sa base de données de génomes viraux pour en être quasiment certaine aujourd’hui. Il s’agirait ainsi du tout premier recombinant détecté depuis le début de la pandémie.
Deux génomes combinés pendant la réplication
Une recombinaison peut conduire à l’émergence de nouvelles formes virales plus dangereuses, mais il est trop tôt pour déterminer si cette forme hybride représente ou non une menace. Bette Korber n’a identifié qu’un seul génome recombinant parmi des milliers de séquences ; pour le moment, personne ne sait si ce virus peut se transmettre d’un individu à l’autre ou s’il s’agit d’un cas isolé.
Le phénomène ne peut se produire que lorsque deux virus (ou variants de virus) infectent une même cellule simultanément. Les coronavirus sont généralement sujets aux recombinaisons, car l’enzyme chargée de répliquer leur génome a tendance à « glisser » du brin d’ARN qu’elle copie, puis se repositionne là où elle s’était arrêtée : si la cellule hôte contient deux génomes différents, l’enzyme peut ainsi aisément passer de l’un à l’autre, combinant différents éléments pour créer une forme hybride.
Selon François Balloux, spécialiste de l’évolution des pathogènes à l’University College London, la recombinaison peut dans certains cas avoir une importance évolutive majeure. Pour de nombreux scientifiques, le phénomène serait d’ailleurs à l’origine de l’apparition du SARS-CoV-2 lui-même : deux virus pourraient s’être mélangés au sein d’un organisme animal avant d’être transmis à l’Homme.
Contrairement à de « simples » mutations ponctuelles (délétions, insertions ou substitutions) — qui ont abouti aux différents variants (britannique, sud-africain, brésilien, …) que nous connaissons aujourd’hui —, une recombinaison peut impliquer un très grand nombre de mutations en une seule fois. Parce que les recombinaisons sont souvent observées chez les coronavirus, les spécialistes s’attendaient à ce que cela se produise. Toutefois, en décembre et en janvier, deux groupes de recherche avaient rapporté n’avoir observé jusqu’à présent aucun signe de recombinaison du SARS-CoV-2.
La plupart du temps, le phénomène, comme n’importe quelle mutation, ne confère aucun avantage au virus. Généralement, les recombinaisons aboutissent d’ailleurs à un résultat non viable, du fait du trop grand nombre de mutations qu’il présente. Mais plus les variants viraux sont proches et infectent un grand nombre de personnes, plus la probabilité qu’un recombinant viable apparaisse est grande. Le virus réassorti est alors totalement différent des deux dont il est issu ; de ce fait, son mode d’action peut être complètement différent et les individus immunisés contre les formes précédentes peuvent devenir vulnérables.
Un phénomène inévitable
L’émergence récente de plusieurs variants, qui se sont rapidement répandus dans le monde, a donc sans aucun doute favorisé cette recombinaison : il est probable que certains individus aient été infectés par deux variants à la fois, fournissant la « matière première » requise pour la création d’un virus réassorti. « Nous arrivons peut-être au point où cela se produit à des rythmes appréciables », confirme Sergei Pond, de l’Université Temple en Pennsylvanie, qui surveille les recombinants en comparant des milliers de séquences génomiques téléchargées dans des bases de données. Pour le spécialiste, la question n’est donc pas de savoir si cela va se produire, mais quand ?
De même, Lucy van Dorp, chercheuse en génomique microbienne à l’University College London, affirme qu’elle n’avait pas encore entendu parler du recombinant, mais qu’elle « ne serait pas trop surprise si certains cas commencent à être détectés ». À ce jour, les scientifiques en savent très peu sur la biologie de ce virus réassorti. Par conséquent, on ne sait pas encore quels risques il représente en termes de symptômes, de contagiosité, d’efficacité vaccinale, etc.
Cette forme virale est cependant porteuse de mutations inquiétantes : l’une issue du variant britannique, appelée Δ69/70, qui rend le virus plus transmissible ; et l’autre, provenant du variant californien et appelée L452R, susceptible de conférer une meilleure résistance aux anticorps. « Ce genre d’événement pourrait permettre au virus d’avoir couplé un virus plus infectieux avec un virus plus résistant », a souligné Korber lors d’un meeting organisé par la New York Academy of Sciences, le 2 février.