Un test unique pour dépister plus de 50 maladies génétiques et diminuer le délai de diagnostic

Quelques jours au lieu de plusieurs années...

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| Arek Socha
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Les symptômes complexes des maladies génétiques (comme la maladie de Huntington) expliquent en partie les longs délais de diagnostic. Un nouveau test ADN mis au point par des chercheurs du Garvan Institute of Medical Research (Sydney) permet d’identifier des maladies génétiques neurologiques et neuromusculaires par scan du génome et à partir d’un échantillon sanguin. Plus précise et plus rapide que les méthodes de dépistage actuelles, la technique utilisée est le « séquençage Nanopore ». Elle devrait être généralisée d’ici deux à cinq ans et permettrait de réduire le délai de diagnostic de plusieurs années selon les cas.

C’est une grande avancée dans le domaine médical : une nouvelle technique de dépistage des maladies génétiques devrait permettre de réduire le délai de diagnostic à quelques jours, au lieu de plusieurs années. Les chercheurs du Garvan Institute of Medical Research ont mis au point un nouveau test ADN capable d’identifier des maladies génétiques difficiles à diagnostiquer d’ordinaire.

Plus de 50 maladies neurologiques et neuromusculaires sont en fait causées par des répétitions anormales de séquences d’ADN, appelées « troubles d’expansion à répétition en tandem courte » (STR). Dans le détail, un court motif de séquence d’ADN (le plus souvent 2 à 6 paires de bases) est répété à un endroit précis du génome et de manière consécutive. Les STR représentent environ 7% de la séquence du génome humain et leur longueur varie entre les individus.

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Dans leur étude, les chercheurs rapportent que les allèles STR inhabituellement longs constituent une classe importante de variants pathogènes dans les populations humaines. « À ce jour, il a été démontré que les expansions STR dans plus de 40 gènes sont à l’origine de troubles héréditaires, la majorité d’entre eux ayant des présentations neurologiques ou neuromusculaires primaires », écrivent-ils. Il s’agit notamment de la maladie de Huntington, du syndrome du X fragile, des ataxies cérébelleuses héréditaires, des dystrophies myotoniques, des épilepsies myocloniques, ainsi que de la sclérose latérale amyotrophique. On estime que chacune de ces quelques 40 maladies neurogénétiques associées à des STR affecte entre 1 et 10 individus pour 100 000, ce qui signifie que leur prévalence collective est élevée.

L’odyssée du diagnostic

Ces maladies génétiques ont pu être correctement et rapidement diagnostiquées avec la nouvelle technique. Une aubaine quand on sait qu’il faut souvent des années pour poser le diagnostic de ces types de maladies aux symptômes complexes, et difficiles à dépister par les méthodes de test génétique existantes.

« Lorsque les patients présentent des symptômes, il peut être difficile de dire laquelle de ces plus de 50 expansions génétiques ils peuvent présenter, de sorte que leur médecin doit décider des gènes à tester en fonction des symptômes et des antécédents familiaux de la personne », explique dans un communiqué le Dr Kishore Kumar, neurologue clinicien et co-auteur de l’étude. « Si le test est négatif, le patient se retrouve sans réponse. Ces tests peuvent durer des années sans que l’on trouve les gènes impliqués dans la maladie… C’est ce que nous appelons ‘l’odyssée du diagnostic’, qui peut être très stressante pour les patients et leurs familles », ajoute-t-il.

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Séquençage Nanopore

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Les chercheurs ont utilisé une technique de séquençage de l’ADN par les nanopores : la technologie Nanopore. Exploitée depuis 1995, elle permet de connaître l’ordre des nucléotides sur un certain fragment d’ADN du patient, grâce à des trous mesurables en nanomètres (les nanopores). Le dispositif se concentre sur les gènes connus comme susceptibles d’être impliqués dans ces maladies, et est optimisé pour détecter les STR.

« En démêlant les deux brins d’ADN et en lisant les séquences de lettres répétées (combinaisons des bases de nucléotides), nous pouvons rechercher les répétitions anormalement longues dans les gènes du patient, qui sont les marques de la maladie », précise le Dr Kumar. Le test scanne le génome du patient à partir d’un seul échantillon d’ADN et il peut également révéler des séquences impliquées dans d’autres maladies.

D’après les chercheurs, l’outil est plus précis que les méthodes de diagnostic actuelles. En outre, il serait plus petit et moins cher que les autres tests de séquençage de l’ADN, ce qui faciliterait son utilisation par les laboratoires. Après obtention de l’accréditation clinique, la méthode devrait être généralisée d’ici deux à cinq ans.

Source : Science Advances

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