Les résultats des tests de microbiote intestinal à domicile diffèrent selon les kits et les fabricants pour un même échantillon, révèle une récente étude. Alors que les kits de test du microbiote intestinal vendus directement aux consommateurs sont toujours plus populaires, ceux-ci fournissent des différences significatives en matière d’abondance de certaines bactéries intestinales et de précision de diagnostic. Ces observations soulignent la nécessité de faire preuve de prudence lors de l’interprétation des résultats de ces tests et des décisions de santé qui en découlent.
Les études mettant au jour l’implication du microbiote intestinal dans de nombreux aspects de la santé ont fortement augmenté au cours de la dernière décennie. Son implication dans la régulation immunitaire et métabolique, ainsi que dans l’axe intestin-cerveau, a par exemple été démontrée. Sa dérégulation (dysbiose intestinale) est associée à de nombreuses pathologies allant des troubles mentaux et neurodégénératifs aux maladies métaboliques, en passant par le cancer.
Compte tenu des recherches croissantes sur l’importance du microbiote intestinal, des entreprises de bien-être ont commencé à proposer des kits de tests à domicile censés permettre aux consommateurs d’obtenir des profils de leur microbiote. Ces kits proposent aux acheteurs de prélever eux-mêmes leurs échantillons fécaux, de les envoyer à un laboratoire pour les analyser et d’obtenir les résultats sans passer au préalable par une consultation médicale.
Certains fournisseurs proposent même des services s’étendant au-delà du simple profilage, en classant notamment les microorganismes détectés selon un indice de pathogénicité ou d’avantage. L’accessibilité à des services habituellement fournis en laboratoire a engendré une vague d’automédication visant à modifier le microbiote intestinal, par exemple à l’aide de compléments alimentaires, voire des tentatives de transplantation de microbiote (ou transplantation fécale) à domicile.
Cependant, si l’automédication est déjà déconseillée quelle que soit l’affection, les experts s’inquiètent des impacts de ces tests de microbiote à domicile car ils ne font pas l’objet du même contrôle rigoureux de validation des performances analytiques que les tests de diagnostic médical traditionnels. Peu d’études ont jusqu’ici évalué leurs performances de manière systématique et les résultats des tests peuvent être très aléatoires.
D’autre part, les recherches visant à comprendre la structure et les véritables fonctions du microbiote intestinal dans la santé n’en sont qu’à leurs débuts. De nombreux experts déconseillent ainsi pour le moment l’utilisation de ces kits ou les tentatives de modifier son microbiote intestinal sans avis médical.
« Je ne recommanderais jamais à personne de faire ce genre de test, car si on a un résultat et qu’on ne sait pas quoi en faire, c’est que ce n’est pas une bonne chose », avait déclaré à Trust my Science Blair Merrick, chercheur clinique au Département des maladies infectieuses du Guy’s and St Thomas’ NHS Foundation Trust, au Royaume-Uni, lors d’une interview dans le cadre d’un précédent article d’investigation sur le sujet.
Des différences notables dans l’abondance de certaines bactéries
Dans une étude publiée le 26 février dans la revue Communications Biology, des chercheurs du National Institute of Standards and Technology (NIST), aux États-Unis, proposent une première évaluation pour sept fournisseurs de kits de test de microbiote intestinal. « Nous décrivons notre approche d’évaluation des performances de sept services de tests microbiologiques en vente libre, à l’aide d’un standard fécal humain développé par le NIST », écrivent les auteurs.
Le NIST a en effet développé une série d’échantillons fécaux humains standards dont l’homogénéité et la stabilité ont été confirmées à l’aide d’analyses multi-omiques de pointe. Ces échantillons ont été conçus pour permettre aux chercheurs d’évaluer les impacts de la variabilité méthodologique pour les mesures du microbiome.
« Homogènes et stables, ces étalons fécaux sont parfaitement adaptés à l’évaluation de la précision (reproductibilité) des protocoles de mesure au sein d’un même laboratoire et entre différents laboratoires », explique l’équipe de l’étude.
Les chercheurs ont sélectionné 21 kits d’analyse du microbiote intestinal destinés aux consommateurs et provenant des sept entreprises (restées anonymes) afin de comparer leurs résultats en utilisant l’un des étalons fécaux du NIST comme référence. Tous les kits ont analysé le même échantillon de selles provenant d’un même donneur.
Les résultats ont montré que l’abondance de certaines souches bactériennes variait d’un kit à l’autre, le genre Clostridium – qui inclut plusieurs pathogènes humains tels que Clostridioides difficile – figurant parmi les plus variables. L’une des sept entreprises évaluées a rapporté une abondance de C. difficile cinq fois supérieure par rapport à la moyenne indiquée par l’American Gut Project. En revanche, trois autres entreprises n’ont pas détecté le pathogène dans un ou plusieurs échantillons (toujours du même donneur).
Métriques de diversité pour les genres identifiés par les entreprises de tests microbiens proposés directement aux consommateurs et par le NIST. © Servetas et al.En évaluant la précision des diagnostics des kits de test, les chercheurs ont constaté que l’un des trois échantillons identiques analysés par les kits d’une même entreprise a été catégorisé comme « à risque », tandis que les deux autres ont été catégorisés comme « sains ».
D’après l’équipe, ces différences significatives dans les résultats s’expliquent par l’absence de procédures d’échantillonnage, de traitement et d’analyse des échantillons standardisés. « Nous attribuons ces différences à la variabilité méthodologique et à un contrôle qualité insuffisant », écrivent les chercheurs.
Ces observations soulignent le besoin de réglementations plus strictes pour les kits de tests de microbiote vendus directement aux consommateurs. En effet, bien que les recommandations soient généralement diététiques, des préoccupations sont de plus en plus soulevées, en particulier pour le risque de transmission de pathogènes lors de transplantations fécales à domicile que les consommateurs pourraient être amenés à tenter. Les chercheurs estiment néanmoins que la standardisation des protocoles d’échantillonnage et des méthodes de test pourrait contribuer à améliorer la précision des tests.