4.1K Partages

Tandis que l’épidémie de coronavirus SARS-CoV-2 continue de progresser, les virologues tentent de toujours mieux comprendre la structure du virus et sa dynamique. Récemment, une équipe de chercheurs chinois a révélé qu’il existait en réalité deux souches du coronavirus en circulation : le type S, qui représente 30% des infections, et le type L, qui en représente 70%. Bien que cette dernière soit plus contagieuse que la souche S, les virologues insistent sur le fait que les mutations entraînant l’apparition de nouvelles souches sont normales et que la souche L n’est, au regard des données existantes, pas plus mortelle que la S.

Deux souches du nouveau coronavirus se répandent actuellement dans le monde, selon une analyse de 103 cas. Mais l’Organisation mondiale de la santé (OMS) insiste sur le fait « qu’il n’y a aucune preuve que le virus a changé en profondeur ». Alors, combien de souches existe-t-il et pourquoi est-ce important en matière d’épidémiologie ?

Certains virus mutent en permanence, en particulier les virus à ARN comme le coronavirus SARS-CoV-2. Jusque là, rien d’anormal. Le virus de la grippe est un autre exemple de virus mutant très fréquemment. Lorsqu’une personne est infectée par le coronavirus, il se réplique dans ses voies respiratoires. Chaque fois que c’est le cas, une demi-douzaine de mutations génétiques se produisent, selon Ian Jones de l’Université de Reading, au Royaume-Uni.

Souche L : avec 70% des cas d’infection, elle se montre plus contagieuse

Lorsque Xiaolu Tang de l’Université de Pékin et ses collègues ont étudié le génome viral prélevé sur 103 cas, ils ont trouvé des mutations communes à deux endroits du génome. L’équipe a identifié deux souches virales en fonction des différences de génome dans ces deux régions : 72 virus ont été classés « type L » et 29 ont été classés « type S ». L’étude a été publiée dans la revue National Science Review.

Une analyse séparée de l’équipe suggère que le type L était dérivé de l’ancien type S. La première souche est probablement apparue au moment où le virus est passé des animaux aux humains. Le second est apparu peu après. La mutation virale est relativement courante lorsque le mode de transmission entre hôtes évolue. Les deux sont impliqués dans l’épidémie mondiale actuelle. Le fait que le type L soit plus répandu suggère qu’il est peut-être « plus agressif » que le type S.

distribution souches

Distributions spatiale et temporelle des souches virales S et L. Crédits : Xiaolu Tang et al. 2020

En effet, le type L, dont le mécanisme de propagation dans les populations humaines est plus efficace que celui du type S, serait plus contagieux. Il représente environ 70% des cas dans le monde actuellement, contre 30% pour le type S. « Il semble y avoir deux souches différentes. Le type L pourrait être plus agressif dans sa transmission, mais nous ne savons pas encore comment ces changements génétiques sous-jacents seront liés à la gravité de la maladie », explique Ravinder Kanda de l’Université d’Oxford.

Cliquez ici pour supprimer les publicités.

Deux souches très peu différentes dans leurs caractéristiques génomiques

Il est essentiel de savoir combien de souches du virus existent. Partout dans le monde, plusieurs groupes travaillent sur un vaccin contre le virus. Tout vaccin devra cibler les caractéristiques que l’on trouve dans les deux souches pour être efficace. Les différences entre les deux souches identifiées sont minimes. En fait, elles ne peuvent pas vraiment être considérées comme des « souches » distinctes, explique Jones.

genomes souches

Alignement de séquence génomique de différents coronavirus dont les souches S et L du SARS-CoV-2. Les deux souches sont pratiquement identiques. L’analyse génomique révèle que la S est probablement l’ancienne version du SARS-CoV-2. Crédits : Xiaolu Tang et al. 2020

Et bon nombre des différences génétiques n’affecteront pas la production de protéines, et ne changeront donc pas le fonctionnement du virus ou les symptômes qu’il provoque. L’un n’est pas plus meurtrier que l’autre. « En termes pratiques, le virus est tel qu’il était lors de son apparition. Il n’y a aucune preuve que cela empire ». Le sentiment est repris par l’Organisation mondiale de la santé. L’étude de Tang et ses collègues suggère seulement qu’il existe une certaine diversité génétique du virus.

Sur le même sujet : Tout comme le virus de la grippe et d’autres coronavirus, le SARS-CoV-2 pourrait devenir saisonnier

La nécessité d’acquérir plus de données sur les souches existantes

L’étude ne représente que 103 cas. Une base de données en ligne plus importante a rassemblé les résultats de séquençage de 166 cas. Les deux représentent donc qu’une très petite fraction des plus de 100’000 cas officiellement signalés. Jones indique que nous pouvons nous attendre à ce que davantage de souches émergent.

Les épidémiologistes conviennent généralement qu’une fois qu’une personne est infectée par le coronavirus, il est peu probable qu’elle soit à nouveau infectée — à moins que le virus ne mute pour lui permettre de surmonter les défenses du système immunitaire.

Cette « pression de sélection » pourrait conduire à l’apparition d’une nouvelle souche. C’est le cas de la grippe saisonnière — de nouvelles variantes surgissent chaque année, pouvant infecter les gens qu’ils aient eu ou non la grippe dans le passé. Nous pourrions donc voir le même schéma émerger pour le nouveau coronavirus dans les années à venir.

Sources : NSR

ARTICLE MIS À JOUR le 8 février : Le titre a été modifié de « En mutant, SARS-CoV-2 a donné lieu à une seconde souche virale plus contagieuse » à « Deux “souches” de SARS-CoV-2 se sont répandues, dont la plus contagieuse représente 70% des cas », afin de mieux refléter les dernières mises à jour concernant l’étude mentionnée.

souches coronavirus

5 Réponses

    • Thomas Boisson
      Thomas Boisson

      Bonjour,

      Nous avons bien pris connaissance de ces échanges concernant l’article de Tang et al. 2020 dès qu’ils ont été publiés par NSR. Il s’agit ici du protocole standard relatif à tout article publié après peer-review ; les revues à comité de lecture offrent un espace public d’échange entre chercheurs afin que des contradictoires puissent être opérés au sein de la communauté scientifique.

      Seulement, la question de la pertinence et l’intégrité de l’information scientifique est complexe. Effectivement, MacLean et al. établissent un certain nombre de critiques et demandent la rétractation de l’article. Cependant, cela n’est pas suffisant pour opérer une telle rétractation. Trois procédures sont encore nécessaires : la réponse de Tang et al., la publication d’une contre-étude de MacLean et al. dans une revue à comité de lecture, et éventuellement la suppression de l’article par NSR. Une fois que ces trois pré-requis auront été remplis, il sera temps de juger de la pertinence de modifier l’article que nous avons écrit.

      Cordialement.

      Répondre
  1. Guillaume

    Titre aguicheur et article erroné. Du très mauvais travail.

    “Although the L type (∼70%) is more prevalent than the S type (∼30%), the S type was found to be the ancestral version. Whereas the L type was more prevalent in the early stages of the outbreak in Wuhan, the frequency of the L type decreased after early January 2020. Human intervention may have placed more severe selective pressure on the L type, which might be more aggressive and spread more quickly. On the other hand, the S type, which is evolutionarily older and less aggressive, might have increased in relative frequency due to relatively weaker selective pressure.”

    Quand l’épidémie a commencé, les deux souches existaient déjà… La souche L étant la plus agressive s’est faite remarquée en premiere en Chine, mais sa fréquence relative diminue car traitée en priorité, au dépend de la souche S, moins agressive, qui voit sa frequence relative augmenter.

    Donc pas de mutation récente qui a rendu le virus plus contagieux..

    Répondre
    • Trust My Science
      Trust My Science

      À aucun moment il n’est dit dans cet article que la “souche” est très récente (l’étude dit “newly evolved” pour le type L). Pour le titre, nous sommes d’accord qu’il n’était plus suffisamment adapté (mais pas incorrect) étant donné les mises à jour concernant l’étude. Pour cela, nous venons de le modifier.

      Répondre
    • Thomas Boisson
      Thomas Boisson

      Bonjour,

      Le titre et le contenu de l’article sont corrects. Lire uniquement l’abstract de la publication n’est pas suffisant pour interpréter correctement l’étude en question. La souche L dérive bien de la souche S qui est apparue initialement. Même si les deux souches sont présentes au début de l’épidémie à Wuhan, cela n’indique en rien qu’elles sont apparues concomitamment. D’ailleurs, jamais l’article ne précise qu’il s’agit d’une mutation “récente”. Mais d’une évolution tout court. Donc cette différenciation des souches a très bien pu avoir lieu très peu de temps après l’apparition initiale de la souche S.

      La souche L est bien décrite comme une dérive évolutive génétique (figure 5 dans l’article) de la souche S. La pression de sélection a, par suite, bien entendu joué son rôle. Mais initialement, la prévalence de la souche L indique un mécanisme de propagation plus agressif que la souche S (ce que les auteurs expliquent clairement dans la publication).

      Un passage intéressant de la publication en question :
      “Thus far, we found that, although the L type is derived from the S type, L (~70%) is more prevalent than S (~30%) among the sequenced SARS-CoV-2 genomes we examined. This
      pattern suggests that L has a higher transmission rate than the S type. Furthermore, our mutational load analysis indicated that the L type had accumulated a significantly higher number of derived mutations than S type (P < 0.0001, Wilcoxon rank-sum test; Fig. S5). We propose that, although the L type newly evolved from the ancient S type, it transmits faster or replicates faster in human populations, causing it to accumulate more mutations than the S type. Thus, our results suggest the L might be more aggressive than the S type due to the potentially higher transmission and/or replication rates." Cordialement.

      Répondre

Laisser un commentaire

Votre adresse e-mail ne sera pas publiée.

Ce site utilise Akismet pour réduire les indésirables. En savoir plus sur comment les données de vos commentaires sont utilisées.

4.1K Partages
4.1K Partages
Partager via
Copier le lien