Des versions hybrides du coronavirus, combinant des gènes des variants Delta et Omicron — surnommées officieusement « Deltacron » —, ont été identifiées chez au moins 17 patients aux États-Unis et en Europe. Jusqu’à présent, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) estimait que Deltacron était le résultat d’une contamination lors d’un séquençage. Récemment, des virologues de l’IHU Méditerranée Infection à Marseille ont confirmé son existence. C’est ainsi que plus de deux mois après sa découverte, l’OMS l’a également reconnu en tant que virus recombinant. Cependant, ce dernier circulant à bas bruit depuis janvier, ne semble pas inquiéter outre mesure les spécialistes. Des études plus approfondies sont nécessaires pour corroborer les premières observations.
Plusieurs variants du SARS-CoV-2 se sont propagés successivement ou simultanément dans le monde depuis l’été 2020. Quelques co-infections avec différents variants ont été signalées et des recombinaisons génétiques, courantes chez les coronavirus, ont été signalées ou suspectées sur la base de la co-détection de mutations de différents variants, dans un génome donné.
Il semblerait que Deltacron soit un variant de SARS-CoV-2 contenant des éléments de Delta et d’Omicron. En d’autres termes, il contient des gènes des deux variants, ce qui en fait ce que l’on appelle un virus recombinant.
La perspective d’un variant associant deux des versions les plus puissantes du coronavirus de cette pandémie, à ce jour, peut sembler effrayante, en particulier car Delta était plus sévère que les autres variants et Omicron hautement contagieux. Qu’en est-il réellement ? Des scientifiques de l’IHU Méditerranée Infection à Marseille en France, mandatés par le gouvernement, ont publié mardi sur le serveur medRxiv un rapport sur leur recherche. Ils apportent des données sûres concernant son existence, suite à la fausse alerte déclenchée par des chercheurs de l’Université de Chypre. En effet, ces derniers affirmaient avoir trouvé un variant hybride en janvier, se révélant être, en fait, le produit de contaminations entre des échantillons lors de séquençages.
Des recombinaisons envisagées à plus ou moins long terme
L’équipe de Philippe Colson a décrit et confirmé, par séquençage du génome, trois patients en France infectés par une version du SARS-CoV-2 qui combine la protéine Spike (de pointe) d’un variant Omicron avec le « corps » d’un variant Delta. D’autres équipes ont signalé 12 autres infections à Deltacron en Europe depuis janvier — toutes avec une protéine Spike Omicron et un corps Delta. P. Colson déclare : « Pendant la pandémie de SARS-CoV-2, deux variants ou plus ont co-circulé pendant les mêmes périodes de temps et dans les mêmes zones géographiques. Cela a créé des opportunités de recombinaison entre ces deux variants ».
On sait que des recombinaisons génétiques de coronavirus humains se produisent lorsque deux variants infectent et se répliquent chez la même personne, dans les mêmes cellules hôtes. Ils échangent alors du matériel génétique. Les nombreuses particules de coronavirus à l’intérieur d’une personne infectée incluent certainement des mutées, pouvant s’avérer être les premiers exemplaires de variants. Ces différents virus représentent des proportions variables de l’ensemble complet.
C’est ainsi qu’une étude publiée mardi 8 mars dans The Journal of Clinical Investigation montre des preuves de cinq patients COVID espagnols entièrement vaccinés avec des infections liées au variant Alpha — qui a balayé le Royaume-Uni fin 2020 — avec des caractéristiques des variants Delta Plus, Iota et Omicron. Celia Perales, de l’Universidad Autonoma de Madrid et co-auteur de l’étude, explique : « Le virus qui se réplique chez chaque patient infecté est en réalité un mélange de virus SARS-CoV-2 légèrement différents. Les variants minoritaires chez un individu infecté peuvent devenir dominants chez quelqu’un d’autre, soit par hasard, soit en raison d’un avantage sélectif lié à la présence ou à l’absence de médicaments, de vaccins ou d’autres facteurs ».
Dans le même temps, Gisaid, une communauté mondiale de scientifiques qui partage des informations sur les virus, a affirmé que la première preuve solide de ce variant hybride avait été partagée par l’Institut Pasteur en France. En effet, les virologues ont soumis, également le mardi 8 mars, la séquence génomique complète du virus recombinant AY.4/BA.1 à la base de données, confirmant sa structure définitive, issue de la recombinaison entre le variant Delta (AY.4 ou l’une des sous-lignées) et Omicron BA.1. Le Dr Etienne Simon-Loriere de l’Institut Pasteur a averti qu’il pourrait y avoir plusieurs virus recombinants différents formés à partir de Delta et d’Omicron.
Philippe Colson ajoute : « Celui que nous voyons en France et au Danemark/Pays-Bas semble très similaire et pourrait être le même recombinant (avec les mêmes virus parentaux) qui a voyagé. Mais les possibles recombinants Delta-Omicron signalés dans des pays comme le Royaume-Uni et les États-Unis semblent combiner différents morceaux de leurs virus parentaux, et diffèrent donc du Deltacron observé en France ».
Des études en cours sur sa sévérité, mais peu de tests
Jusqu’à présent, 17 cas confirmés de virus recombinant ont été détectés aux États-Unis et en Europe, dont trois patients en France infectés par cette version hybride du SARS-CoV-2. Deux autres infections par un recombinant, mais non lié à Deltacron, ont été identifiées aux États-Unis, selon un rapport non publié de la société de recherche en génétique Helix qui a été soumis à medRxiv. Le papier doit être relu et vérifié par des pairs.
Avec seulement un petit nombre de cas de Deltacron identifiés actuellement, il n’y a pas encore suffisamment de données sur la gravité du variant ou sur la façon dont les vaccins nous protègent contre ce dernier. De plus, les tests de routine PCR ne peuvent pas détecter cet hybride. C’est pourquoi lors de l’étude de P. Colson et al., les virologues ont conçu et mis en œuvre une PCR duplex spécifique au variant hybride. Par suite, l’analyse structurelle de la protéine Spike recombinante a suggéré que son contenu hybride pourrait optimiser la liaison virale à la membrane de la cellule hôte. En d’autres termes, il lui serait plus facile d’infecter les personnes. Ces résultats incitent à poursuivre les études sur les caractéristiques virologiques, épidémiologiques et cliniques de ce recombinant.
Cependant, les populations européennes disposent aujourd’hui d’une immunité substantielle contre les variants Delta et Omicron, d’une part grâce à la vaccination et d’autre part en raison du fort niveau de circulation du variant Omicron ces derniers mois. En effet, la protéine Spike — partie la plus importante du virus lorsqu’il s’agit d’envahir les cellules, et cible des anticorps — provient d’Omicron. Le Dr Simon-Loriere explique : « La surface des virus est super-similaire à Omicron, donc le corps le reconnaîtra aussi bien qu’il reconnaît Omicron ». Il n’y a donc pour le moment pas lieu de s’inquiéter de la survenue de ce nouveau variant.
Néanmoins, P. Colson prévient : « Nous devons garder un œil sur le comportement de ce recombinant en termes de transmissibilité et de capacité à échapper à la protection immunitaire induite par le vaccin. Cela montre également la nécessité de maintenir la surveillance génétique. Alors que le virus continue de circuler, en particulier dans les populations sous-vaccinées et chez les personnes dont l’immunité induite par le vaccin se dégrade, nous verrons très probablement davantage de variants, y compris ceux générés par recombinaison ».
Dans le contexte actuel, l’OMS craint que plusieurs pays réduisent considérablement les tests, tout comme les gestes barrières. Cela inhibe, de fait, la capacité à suivre le virus, la façon dont il se propage et comment il évolue. Les tests restent un outil essentiel dans la lutte contre la pandémie, dans le cadre d’une stratégie globale.
D’ailleurs, Soumya Swaminathan, scientifique en chef de l’Organisation mondiale de la santé, a tweeté mardi 8 mars : « Nous savons que des événements recombinants peuvent se produire, chez l’homme ou l’animal, avec de multiples variants circulants du #SarsCoV2. Il faut attendre des expériences pour déterminer les propriétés de ce virus. Importance du séquençage, de l’analyse et du partage rapide des données alors que nous faisons face à cette pandémie ».
Maria Von Kerkhove, responsable technique de la pandémie de COVID-19 pour l’OMS, ajoute : « Malheureusement, nous nous attendons à voir des recombinants, car c’est ce que font les virus. Ils changent avec le temps. Nous constatons un niveau de circulation très intense [du SARS-CoV-2]. Nous voyons ce virus infecter les animaux avec la possibilité d’infecter à nouveau les humains ».
C’est pourquoi la menace de la survenue de nouveaux variants est indiscutable. Comme le déclarait le directeur général de l’OMS il y a quelques semaines, le risque d’émergence de nouveaux variants plus transmissibles et plus mortels est « bien réel ». Il faut savoir que des méthodes spécialisées ont été développées pour détecter la recombinaison dans les virus. Ainsi, les études portant sur le taux de recombinaison du SARS-CoV-2 pourront le comparer à d’autres virus (à ARN ou non) afin de mieux comprendre le virus et anticiper quelles nouvelles variantes ou combinaisons de mutations peuvent survenir.