Un antiviral d’origine végétale très efficace contre le variant Delta du SARS-CoV-2

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Contre les variants virulents émergents du SARS-CoV-2, l’efficacité des vaccins tend à diminuer. Des scientifiques de l’Université de Nottingham viennent de découvrir un traitement prometteur contre la COVID-19 : la thapsigargine (Tg), une molécule antivirale issue de plantes.

Le dernier bulletin épidémiologique de Santé publique France est sans appel : le variant Delta du SARS-CoV-2 représentait 100% des séquences interprétables en France du 25 au 29 octobre 2021. Pour rappel, cette mutation (L452R) de la souche initiale du virus responsable de la COVID-19 a été détectée en octobre 2020 en Inde pour la première fois et résulte de quinze mutations spécifiques. Plus contagieux que la forme initiale et que tous les autres variants connus à ce jour, il les a presque tous remplacés. En effet, son taux de reproduction R0 (le nombre moyen de personnes qu’une personne contagieuse peut infecter) est d’environ 6,6, contre 4,5 pour le variant Alpha et 3 pour la souche initiale.

Même si les vaccins permettent de diminuer les risques de développer des formes graves de la maladie, force est de constater que la mutation L452R du variant Delta implique une diminution de leur efficacité et des anticorps produits. Cette mutation modifie la partie de la protéine spike (de pointe) qui interagit directement avec l’ACE2, l’enzyme à la surface de nos cellules à laquelle le virus se lie pour y pénétrer. Les premières recherches — qui doivent encore être examinées par d’autres scientifiques — suggèrent que la mutation L452R permet au virus de se lier aux cellules de manière plus stable.

D’après une étude parue en août 2021, les vaccins de Pfizer et d’AstraZeneca perdent de leur efficacité contre les formes symptomatiques de la COVID-19 suite à une infection par le variant Delta. Elle est de 67% après deux doses de vaccin AstraZeneca et de 88% après deux doses de chez Pfizer (et uniquement sur les formes symptomatiques de la maladie).

Dans cette nouvelle étude anglaise publiée dans Virulence, le professeur Kin-Chow Chang et son équipe ont évalué la capacité d’infection des variants Alpha, Bêta et Delta en cas d’infection simple ou multiple (c’est-à-dire simultanée d’un hôte par plusieurs agents pathogènes, aussi appelée co-infection). Les chercheurs ont aussi évalué l’efficacité de la thapsigargine (Tg), un antiviral à large spectre récemment découvert, contre ces variants. L’équipe avait déjà montré précédemment que la Tg, même à petite dose, déclenchait une réponse immunitaire innée antivirale à large spectre centrée sur l’hôte, très efficace contre trois grands types de virus respiratoires humains (dont le SARS-CoV-2).

Schéma molécule Thapsigargine
Schéma de la molécule de Thapsigargine. Cette structure complexe est isolée d’espèces méditerranéennes du genre Thapsia.

Une dose unique de thapsigargine contre toutes les variantes

Parmi les trois virus, le variant Delta présentait le taux de réplication le plus élevé et était le plus apte à se propager aux cellules voisines. Son taux de réplication, basé sur la production d’ARN (qui porte l’information génétique des coronavirus), était plus de 4 fois supérieur à celui du variant Alpha et 9 fois supérieur à celui du variant Bêta 24h après l’infection.

Dans les co-infections avec deux variantes du virus, le variant Delta a même stimulé la réplication de ses partenaires co-infectés au détriment de sa propre infection. En outre, les co-infections ont conféré une synergie de réplication où la production totale d’ARN était supérieure à la somme des infections correspondant à une seule variante.

Toutes les variantes étaient très sensibles à l’inhibition de la Tg. Une dose unique de Tg avant l’infection a bloqué efficacement toutes les infections à une seule variante et toutes les combinaisons de co-infection. 72h après l’infection, l’efficacité constatée s’élevait ainsi à plus de 95% par rapport aux témoins. La thapsigargine semble donc être un antiviral prometteur dans le contexte actuel de la nette prévalence mondiale du variant Delta, qui pourrait être compliquée par la synergie de co-infection avec de nouvelles variantes…

Source : Virulence

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