Depuis le début de la pandémie, les chercheurs du monde entier tentent de découvrir l’origine exacte du nouveau coronavirus. En plus du véritable « patient 0 », ils cherchent à identifier le ou du moins les premiers animaux à avoir été infectés par cette variante de coronavirus. Mais aussi, la question est de savoir quel animal a réellement été le premier vecteur de transmission à l’Homme. Dans cette quête, et pour la première fois, des parents proches du nouveau coronavirus ont été trouvés en dehors de la Chine. Les scientifiques ont découvert les deux virus dans des chauves-souris congelées et des excréments de chauve-souris stockés dans des laboratoires cambodgiens et japonais.
Le SARS-CoV-2 continue de circuler dans le monde entier, avec désormais plus de 60 millions d’infections et plus de 1,4 million de décès. Comme son cousin, le SARS-CoV, qui a provoqué des épidémies de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) au début des années 2000, le SARS-CoV-2 est probablement originaire d’une chauve-souris du genre Rhinolophus, bien que certaines preuves suggèrent que le virus pourrait avoir infecté un autre animal avant d’infecter l’Homme.
En recherchant des coronavirus étroitement apparentés, les scientifiques peuvent aider à résoudre le mystère de la façon dont le CoV-2 du SRAS est passé des chauves-souris aux humains, déclenchant ainsi la pandémie actuelle. Récemment, des virologistes ont déclaré à Nature News avoir découvert un tel virus au Cambodge.
« C’est ce que nous cherchions et nous l’avons trouvé », a déclaré à Nature News le Dr Veasna Duong, virologue à l’Institut Pasteur du Cambodge à Phnom Penh, qui a dirigé les recherches. « C’était à la fois passionnant et surprenant ». À savoir que l’étude est toujours en cours et n’a pas encore été publiée dans une revue scientifique.
L’équipe a découvert le virus dans deux « chauves-souris en fer à cheval » de Shamel (R. shameli), qui ont été capturées pour la première fois en 2010, congelées et stockées. Pour confirmer la relation du virus avec le SARS-CoV-2, les scientifiques ont zoomé sur un petit segment de son génome. Ce segment, composé de 324 paires de bases — les éléments constitutifs de l’ARN — est très similaire chez les membres connus de la famille des coronavirus, a déclaré à Nature News Alice Latinne, biologiste évolutionniste à la Wildlife Conservation Society Vietnam à Hanoi, qui n’a pas participé à l’étude. « Ce segment est souvent utilisé pour différencier les nouveaux coronavirus des coronavirus connus, en utilisant de subtiles différences dans son code », explique-t-elle.
Un séquençage encore incomplet
L’équipe a découvert que le segment court du nouveau virus ressemblait à celui du SARS-CoV-2, ainsi qu’à celui de son plus proche parent connu, un coronavirus de chauve-souris appelé RaTG13. L’équipe doit maintenant séquencer l’ensemble du génome du nouveau virus, qui contient probablement environ 30’000 paires de bases, pour découvrir exactement à quel point il est étroitement lié au SARS-CoV-2. Jusqu’à présent, l’équipe a séquencé environ 70% du génome, mais des gènes critiques doivent encore être analysés, y compris ceux qui contiennent des instructions pour construire la protéine de pointe qui permet au virus de pénétrer dans les cellules.
RaTG13, le plus proche parent connu du SARS-CoV-2 à ce jour, partage 96% de son génome avec le virus pandémique, et a probablement divergé de l’ancêtre commun des agents pathogènes il y a entre 40 et 70 ans. Donc, si le nouveau virus découvert est similaire à 97% au moins au CoV-2 du SRAS, il remplacerait le RaTG13 en tant que plus proche parent connu. Si les séquences sont similaires à 99% au moins, le nouveau virus pourrait être un ancêtre direct de l’agent pathogène pandémique, a déclaré à Nature News Aaron Irving, un chercheur en maladies infectieuses de l’Université du Zhejiang à Hangzhou, en Chine.
Par ailleurs, il se pourrait aussi que le nouveau virus ne ressemble pas aussi étroitement au SARS-CoV-2 que RaTG13. Par exemple, un coronavirus récemment découvert dans des excréments de chauve-souris congelés au Japon partage environ 81% de son génome avec le SARS-CoV-2, selon une étude publiée le 2 novembre dans la revue Emerging Infectious Diseases. « Cela le rend trop éloigné pour donner des indications sur l’origine de la pandémie », explique Edward Holmes, virologue à l’université de Sydney en Australie. En effet, ce virus, appelé Rc-o319, ne peut même pas entrer dans les cellules humaines en utilisant le même récepteur que celui du SARS-CoV-2, selon des études en culture cellulaire.
La question de savoir si le virus trouvé au Cambodge peut infecter des cellules humaines reste pour le moment sans réponse, en attendant le séquençage complet. Mais quoi qu’il en soit, la découverte de nouveaux coronavirus chez les chauves-souris R. shameli peut nous donner des indices sur la façon dont le SARS-CoV-2 a pu passer à l’Homme, et nous aider à anticiper les futures pandémies.
D’autres coronavirus liés au SARS-CoV-2 existent probablement dans les populations de chauves-souris Rhinolophus, qui vivent dans toute la région, explique Holmes. « Espérons qu’un ou plusieurs de ces coronavirus seront si étroitement liés au CoV-2 du SRAS que nous pourrons le considérer comme le véritable ancêtre », conclut-il.