Le réseau d’ordinateurs du projet [email protected] devient le plus puissant supercalculateur du monde

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| Getty

L’application [email protected] utilise le calcul distribué afin de modéliser et étudier de nombreux mécanismes biomédicaux, y compris le coronavirus SARS-CoV-2. N’importe qui peut installer le logiciel sur son ordinateur, qui utilise alors une fraction de la part de calcul de la machine pour travailler sur le projet sélectionné. Au cours des derniers mois, le réseau de volontaires s’est tellement agrandi que la puissance combinée de tous les ordinateurs en fait la plateforme de calcul la plus puissante au monde, dépassant les supercalculateurs actuel les plus puissants.

Selon le directeur de [email protected], le biochimiste Greg Bowman, quelque 700’000 nouveaux ordinateurs individuels se sont joints au projet ces dernières semaines. C’est une énorme augmentation par rapport aux 30’000 personnes qui exécutent généralement le logiciel de calcul.

Et cela fait également une énorme différence en matière de puissance de calcul : le réseau [email protected] a atteint un incroyable 2.4 exaFLOP de puissance de traitement plus tôt cette semaine, ce qui le rend plus rapide que les 500 meilleurs supercalculateurs du monde réunis. Le travail principal de [email protected] est de modéliser le comportement des protéines dans le corps, soutenant ainsi de nombreuses fonctions biologiques essentielles.

Comprendre comment le coronavirus SARS-CoV-2 infecte les cellules humaines

Ces fonctions incluent l’infection virale : l’équipe [email protected] examine en particulier comment la glycoprotéine en forme de pic du virus SARS-CoV-2 (qui est en fait composé de trois protéines) se fixe aux cellules humaines et infecte le corps humain. Ces trois protéines que la pointe virale utilise pour adhérer aux cellules humaines ACE2 ressemblent tellement à la bouche du Demogorgon de Stranger Things (une série Netflix), que l’équipe de recherche l’a surnommée d’après le monstre.

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La glycoprotéine d’adhérence virale du SARS-CoV-2, baptisée « Demogorgon ». Crédits : Thomas Splettstoesser

C’est le principal moyen par lequel le nouveau coronavirus peut pénétrer les tissus du corps humain, et son blocage pourrait donc être crucial pour les futures thérapies et traitements. Si nous pouvons mieux comprendre le fonctionnement des protéines de pointe — ce que font les simulations informatiques effectuées par [email protected] — alors nous pouvons mieux concevoir les médicaments pour les neutraliser.

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[email protected] : n’importe quel ordinateur peut être un acteur du réseau

L’avantage de [email protected] est qu’il divise la modélisation informatique complexe de protéines en tâches plus petites qui peuvent ensuite être distribuées à des milliers d’ordinateurs à travers le monde. Si vous installez l’application, vous décidez quand elle s’exécute et quelle quantité de puissance de traitement de votre ordinateur elle utilise (vous n’avez pas du tout besoin d’un ordinateur particulièrement haut de gamme). Si vous le souhaitez, l’application s’exécutera lorsqu’elle détectera que vous n’utilisez pas l’ordinateur pour autre chose.

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De nombreux autres projets liés au coronavirus sont également en cours avec [email protected] : des données sont en cours de traitement pour évaluer l’efficacité des médicaments potentiels actuellement testés en laboratoire et pour analyser comment le coronavirus contrôle la machinerie d’une cellule après l’infection.

Animation montrant la glycoprotéine d’adhérence virale « Demogorgon » :

Sources : [email protected]

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