Un régime d’aliments fermentés augmenterait la diversité du microbiote et réduirait l’inflammation

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Les aliments fermentés, tels que le yaourt, le kimchi et la choucroute, sont des sources de probiotiques connues. | Nina Firsova/Shutterstock

On le sait depuis longtemps, la diversité du microbiote intestinal est d’une importance capitale non seulement pour la digestion, mais aussi pour de nombreux processus immunitaires, influençant même directement le niveau d’inflammation dans le corps. Récemment, des chercheurs ont découvert qu’un régime riche en aliments fermentés favorise cette diversité microbienne, diminuant ainsi également les signes moléculaires d’inflammation.

Dans le cadre d’un essai clinique mené par des chercheurs de la Stanford School of Medicine, 36 adultes en bonne santé ont été assignés au hasard à un régime de 10 semaines comprenant soit des aliments fermentés, soit des aliments riches en fibres. Les deux régimes ont eu des effets différents sur le microbiote intestinal et le système immunitaire.

La consommation d’aliments tels que le yaourt, le kéfir, le fromage blanc fermenté, le kimchi et d’autres légumes fermentés, les boissons à base de saumure végétale et le thé kombucha a entraîné une augmentation de la diversité microbienne globale, les effets étant plus marqués lorsque les portions sont plus importantes.

« C’est une découverte étonnante », a déclaré Justin Sonnenburg, professeur de microbiologie et d’immunologie. « Elle fournit l’un des premiers exemples de la façon dont un simple changement de régime alimentaire peut remodeler de manière reproductible le microbiote dans une cohorte d’adultes en bonne santé ».

En outre, quatre types de cellules immunitaires ont montré une moindre activation dans le groupe des aliments fermentés. Les niveaux de 19 protéines inflammatoires mesurés dans les échantillons de sang ont également diminué. L’une de ces protéines, l’interleukine 6, a été liée à des pathologies telles que la polyarthrite rhumatoïde, le diabète de type 2 et le stress chronique.

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« Les régimes ciblant le microbiote peuvent modifier l’état immunitaire, ce qui constitue une voie prometteuse pour réduire l’inflammation chez les adultes en bonne santé », a déclaré Christopher Gardner, professeur Rehnborg Farquhar et directeur des études nutritionnelles au Stanford Prevention Research Center. « Cette constatation était cohérente pour tous les participants à l’étude qui ont été affectés au groupe d’aliments fermentés plus élevés ».

Régime riche en fibres et stabilité de la diversité microbienne

En revanche, aucune de ces 19 protéines inflammatoires n’a diminué chez les participants assignés à un régime riche en fibres, c’est-à-dire en légumineuses, graines, céréales complètes, noix, légumes et fruits. En moyenne, la diversité de leurs microbes intestinaux est également restée stable. « Nous nous attendions à ce qu’un régime riche en fibres ait un effet bénéfique plus universel et qu’il augmenterait la diversité du microbiote », a déclaré Erica Sonnenburg, chercheuse principale en sciences fondamentales de la vie, microbiologie et immunologie. « Les données suggèrent qu’une augmentation de la consommation de fibres sur une courte période est insuffisante pour accroître la diversité du microbiote ». Les résultats ont été publiés dans la revue Cell.

De nombreuses données ont démontré que le régime alimentaire façonne le microbiote intestinal, ce qui peut avoir une incidence sur le système immunitaire et l’état de santé général. Selon Gardner, une faible diversité du microbiote a été liée à l’obésité et au diabète. « Nous voulions mener une étude de validation de concept pour vérifier si une alimentation ciblée sur le microbiote pouvait être un moyen de lutter contre l’augmentation considérable des maladies inflammatoires chroniques », a déclaré Gardner.

Les chercheurs se sont alors concentrés sur les fibres et les aliments fermentés en raison des rapports précédents sur leurs avantages potentiels pour la santé. Alors que les régimes riches en fibres ont été associés à des taux de mortalité plus faibles, la consommation d’aliments fermentés peut aider à maintenir le poids et peut réduire le risque de diabète, de cancer et de maladies cardiovasculaires.

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Les chercheurs ont analysé des échantillons de sang et de selles prélevés pendant une période de trois semaines avant l’essai, les dix semaines du régime et une période de quatre semaines après le régime, pendant laquelle les participants mangeaient comme ils le souhaitaient.

Les résultats donnent une image nuancée de l’influence du régime alimentaire sur les bactéries intestinales et le statut immunitaire. D’une part, ceux qui ont augmenté leur consommation d’aliments fermentés ont montré des effets similaires sur la diversité de leur microbiote et sur les marqueurs inflammatoires, ce qui correspond à des recherches antérieures montrant que des changements à court terme dans le régime alimentaire peuvent rapidement modifier le microbiote intestinal. D’autre part, le changement limité du microbiote dans le groupe riche en fibres concorde avec les rapports précédents des chercheurs sur la résilience générale du microbiome humain sur de courtes périodes.

schema resumant impact regimes riches fibres et aliments fermentes
Schéma résumant l’impact des deux types de régimes étudiés sur le microbiote intestinal et les marqueurs inflammatoires. Le régime riche en aliments fermentés promeut la diversité du microbiote intestinal et diminue l’inflammation. Le régime riche en fibre quant à lui, encourage la fonction intestinale sans modifier la diversité microbienne. © Justin L. Sonnenburg, Christopher D. Gardner et al.

Conception d’un ensemble de stratégies alimentaires et microbiennes

Les résultats ont également montré qu’une plus grande consommation de fibres entraîne une plus grande quantité de glucides dans les échantillons de selles, ce qui indique une dégradation incomplète des fibres par les microbes intestinaux. Ces résultats sont cohérents avec d’autres recherches suggérant que le microbiote des personnes vivant dans le monde industrialisé est appauvri de microbes dégradant les fibres.

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« Il est possible qu’une intervention plus longue aurait permis au microbiote de s’adapter de manière adéquate à l’augmentation de la consommation de fibres », a déclaré Erica Sonnenburg. « Sinon, l’introduction délibérée de microbes consommateurs de fibres pourrait être nécessaire pour augmenter la capacité du microbiote à dégrader les glucides ».

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Outre l’exploration de ces possibilités, les chercheurs prévoient de mener des études sur des souris afin d’examiner les mécanismes moléculaires par lesquels les régimes alimentaires modifient le microbiote et réduisent les protéines inflammatoires. Ils souhaitent également vérifier si les aliments riches en fibres et fermentés agissent en synergie pour influencer le microbiote et le système immunitaire humains.

Un autre objectif est d’examiner si la consommation d’aliments fermentés diminue l’inflammation ou améliore d’autres marqueurs de santé chez les patients atteints de maladies immunologiques et métaboliques, ainsi que chez les femmes enceintes et les personnes âgées. « Il existe de nombreuses autres façons de cibler le microbiote avec des aliments et des suppléments, et nous espérons continuer à étudier comment différents régimes alimentaires, probiotiques et prébiotiques ont un impact sur le microbiote et la santé de différents groupes », a déclaré Justin Sonnenburg.

Source : Cell

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