COVID-19 : une variante sud-africaine susceptible d’être plus contagieuse

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| Luca Sola/AFP/Getty

Alors que le Royaume-Uni doit faire face à une variante du SARS-CoV-2, une nouvelle forme virale a été identifiée en Afrique du Sud. Tout comme la forme qui sévit outre-Manche, cette variante sud-africaine est susceptible d’être plus contagieuse. En outre, les scientifiques locaux craignent qu’elle puisse infecter plus sévèrement les jeunes et s’avérer plus résistante aux vaccins.

Il ne s’agit que d’avertissements préliminaires ; les scientifiques doivent poursuivre leurs recherches pour confirmer une éventuelle propagation plus rapide que celle du virus initial. À ce jour, cette variante ne semble pas provoquer de symptômes plus graves que son prédécesseur. Mais les spécialistes craignent que cette forme mutante ne puisse réinfecter les individus ayant déjà contracté la COVID-19.

Cette variante sud-africaine, nommée 501Y.V2, a rapidement été comparée à la variante britannique, N501Y. Deux cas dus à cette nouvelle variante auraient d’ailleurs été détectés au Royaume-Uni. Il apparaît que la forme africaine se propage plus efficacement d’une personne à l’autre ; ceci dit, dans un pays comme dans l’autre, ces premiers résultats restent à confirmer. En attendant, les spécialistes sud-africains cherchent activement un moyen de freiner la transmission.

Une variante qui menace l’efficacité des anticorps

Les mutations du SARS-CoV-2 étaient inévitables ; il est naturel pour un virus de muter, car il arrive que son matériel génétique subisse des modifications lorsqu’il se réplique. Les coronavirus mutent régulièrement : ils se multiplient rapidement, contaminent de nombreux hôtes, ce qui favorise l’apparition de mutations. Celles-ci permettent aux virus de toujours mieux s’adapter à leur environnement, c’est un mécanisme de survie. Si la souche britannique N501Y a tant surpris les scientifiques, c’est parce qu’elle présentait un nombre anormalement élevé de mutations (17 au total).

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La variante 501Y.V2 a été découverte lors d’une surveillance génomique de routine, réalisée par un réseau de laboratoires en Afrique du Sud. Elle a été repérée dans près de 200 échantillons prélevés dans plus de 50 établissements de santé différents, du Cap oriental, du Cap occidental et du KwaZulu-Natal. Initialement confinée aux régions côtières, elle se propage maintenant rapidement à l’intérieur des terres. Tout comme la variante britannique, elle présente de multiples mutations (8 au total) dans la protéine de pointe du virus — via laquelle le virus se lie aux cellules humaines et qui constitue la cible principale des anticorps produits lors de l’infection ou suite à la vaccination.

Les deux formes partagent d’ailleurs une même mutation (N501Y), qui selon les experts, joue un rôle dans la capacité du virus à se propager rapidement. Selon le Dr Richard Lessells, l’un des spécialistes à la tête des recherches sur la variante sud-africaine, cette nouvelle souche 501Y.V2 soulève deux inquiétudes majeures : elle remet en cause l’efficacité du vaccin et pourrait potentiellement réinfecter des personnes ayant déjà contracté la forme initiale du virus (pourtant, a priori, temporairement immunisées).

En effet, les mutations détectées dans cette variante sud-africaine peuvent permettre au virus de mieux se fixer et pénétrer dans les cellules humaines que les variantes précédentes, ce qui pourrait faciliter sa transmission. En outre, certains résultats préliminaires suggèrent que cette forme est associée à une charge virale plus élevée.

Vers une deuxième vague plus contagieuse ?

Après une première vague en Afrique du Sud, dont le point culminant a été atteint au mois de juillet, le total quotidien des nouveaux cas a chuté de façon spectaculaire. Cependant, le nombre de nouvelles infections a commencé à augmenter fortement début décembre, atteignant 12’000 nouveaux cas plus tôt cette semaine. De nombreux cas concernent des jeunes âgés de 15 à 25 ans, mais les scientifiques ne peuvent pour le moment déterminer s’il s’agit d’une conséquence de la nouvelle variante ou plus simplement d’un comportement imprudent. En effet, une série de fêtes de masse célébrant la fin de l’année scolaire sud-africaine, le Matric Rage, est susceptible d’avoir largement accéléré la propagation des infections parmi la jeune population.

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Décès hebdomadaires (toutes causes confondues) prédits (en orange) et enregistrés (en noir) en Afrique du Sud depuis le 1er janvier 2020. © South African Medical Research Council

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Côté symptômes, pas de changement notable : « Les patients présenteront vraisemblablement le même spectre de symptômes qu’auparavant », ont déclaré les scientifiques locaux. À ce jour, pas de changement non plus en termes de sévérité de la maladie ; toutefois, les spécialistes ont entrepris davantage d’études pour confirmer cet aspect. Les épidémiologistes soulignent que même si cette forme virale n’entraîne pas de maladie plus grave, les taux de mortalité pourraient augmenter : cette variante pourrait en effet se propager à une vitesse trop élevée pour que les systèmes de santé puissent suivre la cadence — un scénario qui pourrait se produire dans bien d’autres pays du monde…

Un article de recherche publié récemment, précise en effet que « les données génomiques […] suggèrent que cette lignée pourrait être associée à une transmissibilité accrue ». Selon les auteurs de l’article, cette nouvelle lignée SARS-CoV-2 (501Y.V2) est caractérisée par huit mutations au niveau de la protéine de pointe, dont trois sont associées au domaine de liaison au récepteur (K417N, E484K et N501Y). La signification complète des mutations reste à déterminer.

Suite à la détection de cette nouvelle variante, au moins cinq pays, dont l’Allemagne, ont interdit les voyages en provenance d’Afrique du Sud. Depuis le début de la pandémie, l’Afrique du Sud a enregistré près de 940’000 cas de COVID-19, avec près de 25’000 décès, selon les statistiques officielles. Mais les études sur la surmortalité menées par le South African Medical Research Council suggèrent un bilan de plus de 59’000 morts. « Il est encore très tôt, mais à ce stade, les données préliminaires suggèrent que le virus qui domine désormais dans la deuxième vague se propage plus rapidement que la première vague », a averti le professeur Salim Abdool Karim, président du comité consultatif ministériel du gouvernement. L’Afrique du Sud pourrait ainsi compter beaucoup plus de cas dans cette nouvelle vague qu’elle n’en a connu plus tôt cette année.

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Source : KRISP (Kwazulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform)

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