Coronavirus : un nouveau variant inquiète les scientifiques

Baptisé B.1.1.529, il comporte un grand nombre de mutations.

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Illustration de molécules d'ARN (acide ribonucléique). | Science Photo Library/Edit par Jonathan Paiano (Trust My Science)
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B.1.1.529 a été identifié pour la première fois au Botswana le 11 novembre 2021. En incluant l’Afrique du Sud et Hong Kong, cela porte à 10 le nombre de cas mondiaux détectés positifs à ce nouveau variant du SARS-CoV-2. D’après les scientifiques, sa séquence génétique contient 32 mutations susceptibles de réduire l’efficacité des vaccins.

Alors que l’élargissement pour tous de la 3e dose de vaccin contre la COVID-19 s’organise à l’échelle mondiale, l’inquiétude de la présence de nouveaux variants qui pourraient lui résister perdure. Parmi les nouveautés, le « Botswana cluster » (3 cas dans ce pays) s’est étendu à l’Afrique du Sud (6 cas reportés depuis le 14 novembre) et à Hong Kong.

Le cas découvert à Hong Kong concerne un homme de 36 ans qui avait montré un test PCR négatif avant de s’envoler de Hong Kong pour l’Afrique du Sud, où il a séjourné du 22 octobre au 11 novembre. Il a été testé négatif à son retour à Hong Kong, puis positif le 13 novembre alors qu’il était en quarantaine, selon The Guardian.

Pour rappel, c’est le variant Delta (B.617.2) qui circule le plus activement sur l’ensemble du globe, y compris dans ces trois pays selon le dernier rapport épidémiologique de l’OMS.

En Angleterre, les autorités ont placé sous surveillance le sous-variant du Delta : AY.4.2, détecté dans 11.8% des tests en Angleterre au 5 novembre 2021. Plusieurs cas recensés avaient des antécédents de voyage récents (d’au moins 32 pays différents). D’après les autorités, ce sous-variant semble avoir un taux de croissance légèrement accru par rapport à la souche Delta, qui peut être dû à une modification du virus (transmissibilité ou échappement immunitaire) ou au contexte épidémiologique. AY.4.2 a été désigné comme nouveau variant sous surveillance, tout comme le variant Mu.

Des mutations qui impactent la transmission et le système immunitaire

Le variant B.1.1.529 comporte 32 mutations dans la protéine spike (S), la partie du virus que la plupart des vaccins utilisent pour stimuler le système immunitaire contre la COVID-19. Les mutations de la protéine S peuvent affecter la capacité du virus à infecter les cellules et à se propager, mais aussi rendre plus difficile l’attaque de l’agent pathogène par les cellules immunitaires. De manière logique, les anticorps produits par l’organisme reconnaîtraient moins la protéine S mutée du variant. Par ailleurs, il est possible que le grand nombre de mutations se soit accumulé en une seule fois, ce qui suggère que la protéine a pu évoluer au cours d’une infection chronique chez une personne au système immunitaire affaibli.

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Le Dr Tom Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres, a publié les détails du nouveau variant sur un site web de partage de génomes, en notant que le nombre incroyablement élevé de mutations pourrait être une réelle préoccupation. Parmi ces mutations, on retrouve K417N, connue pour modifier la forme de la protéine S de façon à permettre au virus d’échapper partiellement aux anticorps. La mutation N501Y entraîne quant à elle une augmentation de la transmissibilité, en agissant sur la liaison avec les enzymes ACE2 des cellules humaines.

Certains virologues sud-africains sont déjà inquiets, notamment en raison de la récente augmentation des cas dans le Gauteng, une zone urbaine comprenant Pretoria et Johannesburg, où des cas d’infection à B.1.1.529 ont été détectés.

Pour autant, d’autres scientifiques ne s’avancent pas sur la qualité de transmissibilité du variant, comme Ravi Gupta, professeur de microbiologie clinique à l’université de Cambridge. « Une propriété clé du virus qui n’est pas connue est son infectiosité, car c’est ce qui semble avoir principalement motivé le variant Delta », rapporte-t-il à The Guardian. Pour le moment, il convient donc de le surveiller de près sans trop d’inquiétude, à moins que sa fréquence ne commence à augmenter dans les prochaines semaines.

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