Depuis les débuts de la pandémie, les scientifiques sont toujours à la recherche de l’origine du coronavirus SARS-CoV-2. Les deux hypothèses majeures sont la chauve-souris pour la plus appuyée et la fuite d’un laboratoire pour la plus controversée. Dans les deux cas, les éléments de preuves (ou potentiels éléments) ne manquent pas. Pour ce qui est de retracer l’origine du SARS-CoV-2 jusqu’à son dernier hôte animal, des chercheurs ont récemment découvert des coronavirus, dans des chauves-souris laotiennes, qui semblent être les plus proches parents connus du SARS-CoV-2.
L’équipe internationale de chercheurs, de l’Institut Pasteur en France et de l’Université du Laos, ont récemment capturé 645 chauves-souris dans des grottes calcaires du nord du Laos et les ont examinées, à la recherche de virus apparentés au SARS-CoV-2.
Comme rapporté dans leur document, ils ont identifié trois virus, qu’ils ont baptisés BANAL-52, BANAL-103 et BANAL-236, qui ont infecté des chauves-souris fer à cheval et qui partagent plus de 96% de leur génome global avec le SARS-CoV-2. Il s’agit de la plus étroite parenté rapportée à ce jour, mais il faut préciser que l’étude n’a pas encore fait l’objet d’un examen par les pairs. Cependant, les résultats sont en cours de révision en vue de leur publication dans une revue Nature.
96,8% de similarité avec le SARS-CoV-2
L’un des virus, BANAL-52, était identique à 96,8% au SARS-CoV-2, selon Nature News. BANAL-52 est donc génétiquement plus proche du virus du SARS-CoV-2 que tout autre virus connu. Jusqu’ici, le plus proche parent connu du SARS-CoV-2 était RaTG13, découvert chez des chauves-souris en 2013. Il partage 96,1% de son génome avec le SARS-CoV-2.
Les scientifiques ont également été interpellés par le fait que les trois virus nouvellement découverts sont plus semblables au SARS-CoV-2 dans une partie clé de leur génome, appelée domaine de liaison du récepteur (RBD), que les autres virus connus. Le RBD est la partie du virus qui lui permet de se lier aux cellules hôtes. Dans le cas du SARS-CoV-2, le RBD se lie à un récepteur appelé ACE2 sur les cellules humaines, et le virus utilise ce récepteur comme porte d’entrée dans les cellules.
La nouvelle étude a révélé que BANAL-52, BANAL-103 et BANAL-236 peuvent se lier à l’ACE2 et l’utiliser pour pénétrer dans les cellules humaines. Jusqu’à présent, d’autres candidats proposés comme ancêtres du SARS-CoV-2 trouvé chez les chauves-souris, y compris RaTG13, n’ont pas été en mesure de le faire, ont déclaré les chercheurs. Les trois virus pouvaient se lier au récepteur ACE2 à peu près aussi bien que les premières souches de SARS-CoV-2 trouvées à Wuhan, ont-ils ajouté.
L’hypothèse de la fuite de laboratoire n’est pas exclue
Les résultats, publiés sur le serveur de préimpression Research Square le 17 septembre, viennent s’ajouter aux preuves que le SARS-CoV-2 a une origine naturelle. Pour le moment, ni l’une ni l’autre des hypothèses ne peut cependant être exclue. Celle de la fuite d’un laboratoire est toujours à l’étude et comporte des éléments de preuves concrets.
« Des séquences très proches de celles des premières souches de SARS-CoV-2 existent dans la nature », ont écrit les chercheurs dans leur document, qui n’a pas encore fait l’objet d’un examen par les pairs. « Le domaine de liaison au récepteur du SARS-CoV-2 semblait inhabituel lorsqu’il a été découvert pour la première fois, car il y avait si peu de virus auxquels le comparer », a déclaré à Bloomberg Edward Holmes, biologiste évolutionniste à l’université de Sydney, qui n’a pas participé à l’étude.
« Maintenant que nous prélevons davantage d’échantillons dans la nature, nous commençons à trouver ces fragments de séquence génétique étroitement liés », a ajouté Holmes. Les auteurs affirment que leurs résultats confortent l’hypothèse selon laquelle le SARS-CoV-2 résulte d’une recombinaison de séquences virales existant chez les chauves-souris fer à cheval.
Cependant, même si les virus nouvellement découverts sont étroitement liés au SARS-CoV-2, ils ne possèdent pas de séquence pour ce que l’on appelle le « site de clivage de la furine », que l’on retrouve dans le SARS-CoV-2 et qui facilite l’entrée du virus dans les cellules. Cela signifie que pour mieux comprendre les origines du SARS-CoV-2, des recherches supplémentaires sont nécessaires pour montrer comment et quand le site de la furine a été introduit.
L’étude ne précise pas non plus comment un progéniteur du virus aurait pu arriver jusqu’à Wuhan, dans le centre de la Chine, où les premiers cas connus de COVID-19 ont été identifiés, ni si le virus a été transporté par un animal intermédiaire.